MDA
 All Classes Namespaces Files Functions Variables Typedefs Enumerations Enumerator Friends Groups
options.hpp
1 /*
2  * options.hpp
3  *
4  * Created on: Jul 26, 2013
5  * Author: ckeme_01
6  */
7 
8 #ifndef OPTIONS_HPP_
9 #define OPTIONS_HPP_
10 
11 // C++ header
12 #include<string>
13 #include<vector>
14 
15 //MDAT header
16 #include "../../lib/utils/Matrix.hpp"
17 
22 {
23  Opt_general() : sequence_f(""), domain_f(""), mda_out_f(""), msa_out_f(""), out_msa_format(""), make_msa(false), domain_program(""), domain_database(""), n_threads(0)
24  {}
25  std::string sequence_f;
26  std::string domain_f;
27  std::string mda_out_f;
28  std::string msa_out_f;
29  std::string out_msa_format;
30  bool make_msa;
31  std::string domain_program;
32  std::string domain_database;
33  int n_threads;
34 };
35 
39 struct Opt_msa
40 {
41  Opt_msa() : gop(0), gep(0), simmat_name(""), sim_mat(nullptr)
42  {}
43  Opt_msa& operator=(const Opt_msa&) = delete;
44  Opt_msa& operator=(Opt_msa&&) = delete;
45 
46  Opt_msa(const Opt_msa&) = delete;
47  Opt_msa(Opt_msa&&) = delete;
48 
49  int gop;
50  int gep;
51  std::string simmat_name;
52  MDAT::Matrix<int> *sim_mat;
53 };
54 
55 
59 struct Opt_dom
60 {
61  Opt_dom() : use_envelope(false), no_merging(false), refine_boundaries(false), collapse_repeats(false)
62  {}
63 
64  bool use_envelope;
65  bool no_merging;
66  bool refine_boundaries;
67  bool collapse_repeats;
68 
69 };
70 
71 
72 #endif /* OPTIONS_HPP_ */