- a -
- all_hmm_pairs()
: MDAT
- all_rads_pair_align_archi()
: MDAT
- e -
- encode()
: MDAT
- enterDataIntoMatrix()
: MDAT
- f -
- fillGotohMatrix()
: MDAT
- fillGotohMatrix_banded()
: MDAT
- g -
- get_alphabet()
: MDAT
- get_score()
: MDAT
- gotoh_align()
: MDAT
- gotoh_align_banded()
: MDAT
- gotoh_dyn_consistency()
: MDAT
- gotoh_dyn_consistency_traceback()
: MDAT
- gotoh_traceback()
: MDAT
- h -
- hmm_backward()
: MDAT
- hmm_forward()
: MDAT
- m -
- n -
- nw_dyn_consistency()
: MDAT
- nw_dyn_consistency_traceback()
: MDAT
- o -
- p -
- progressive_consistency_align()
: MDAT
- r -
- rads_align_archi()
: MDAT
- rads_traceback_archi()
: MDAT
- refine()
: MDAT
- reverse_complement()
: MDAT
- s -
- seq_prof_prof_align()
: MDAT
- seq_prof_prof_align_banded()
: MDAT
- seq_progressive_align()
: MDAT
- str_lower()
: MDAT
- str_upper()
: MDAT
- substr()
: MDAT
- substr_end()
: MDAT
- substr_no_renaming()
: MDAT