MDA
 All Classes Namespaces Files Functions Variables Typedefs Enumerations Enumerator Friends Groups
Gene.hpp
1 /*
2  * Gene.hpp
3  *
4  * Created on: Sep 4, 2013
5  * Author: ckeme_01
6  */
7 
8 #ifndef GENE_HPP_
9 #define GENE_HPP_
10 
11 
12 
13 class
15 {
16 private:
17  //std::string seq_id;
18  std::string source;
19  std::string type;
20  size_t start;
21  size_t len;
22  double score;
23  char strand;
24  short phase;
25 
26  std::map<std::string, std::string> attributes;
27 
28 public:
29 
30  size_t length()
31  {
32  return len;
33  }
34 
35  void
36  length(size_t new_length)
37  {
38  len=new_length;
39  }
40 
41 
42  size_t
43  end()
44  {
45  return start+len-1;
46  }
47 
48 
49 };
50 
51 struct
52 MRNA
53 {
55  std::vector<SingleSequenceFeature> sub_features;
56 };
57 
58 
59 
60 
61 
62 struct
63 Gene
64 {
66  std::vector<MRNA> mRNAs;
67 };
68 
69 
70 #endif /* GENE_HPP_ */